カスタムメニューをデフォルトのまま導入すると
最初のliタグが改行されずに吐き出されてしまう。
この問題を手っ取り早く解決するには、
”ulタグを自動的に入れない”という以下のようなテンプレートタグを使う方法がある。

<?php wp_nav_menu( array( 'items_wrap' => '%3$s' ) ); ?>

その代り自分で直接header.phpにulタグを書き込む必要がある。
デフォルトだと”menu-”という接頭語的なものが自分が設定した
メニューのタイトルに付くが、これも回避できる。
Id名とかClass名はできるだけ短い方が良いと思うし、
必ず一緒に付くclassも必要がないと感じれば省くことができる。
因みに、下のように書くとデフォルトで吐き出されるcontainerタグも無しにできる。
また、前述したテンプレートと合体して使うこともできる。

<?php wp_nav_menu( array( 'container' => '' ) ); ?>

リストタグに付くやたら長くて多いId名やClass名を省くやり方は
多くの方が説明していらっしゃるので、そちらを参照してください。